新檢測方法:最快10分鐘檢出新冠病毒

劉志偉

2020年03月12日11:56  來源:科技日報
 

近日,記者從武漢大學獲悉,該校聯合團隊創新性開發出納米孔靶向測序(NTS)檢測方法,能大幅提升病毒陽性檢出率,實現一天同時檢測新型冠狀病毒和其他10大類、40種常見呼吸道病毒並監測病毒突變。3月7日,該團隊在預印本平台medRxiv正式發表題為《納米孔靶向測序精准全面檢測新冠病毒以及其他呼吸道病毒》的研究論文。

據了解,以往新冠病毒診斷主要採用的是實時熒光定量核酸擴增檢測系統(qPCR),但是該方法顯示出低敏感性。此外,qPCR核酸檢測無法同時檢測其他秋冬季高發、引發症狀與新冠肺炎相似的其他呼吸道病毒,給疫情防控和患者分流管理帶來極大挑戰。

武漢大學藥學院劉天罡教授、武漢大學人民醫院李艷教授、余鋰鐳教授、武漢臻熙醫學檢驗實驗室有限公司總負責人付愛思博士等迅速組建聯合團隊,創新性地開發了納米孔靶向測序檢測方法。

該團隊研發的NTS技術特點在於:它不局限於中國或美國疾病控制中心目前在qPCR方法中推薦的位點,而是將檢測范圍擴大到9個基因、12個位點近1萬個鹼基(10kb)區域,全面覆蓋病毒基因組上主要基因區域,100%覆蓋病毒基因組上毒力相關的重要基因,檢測病毒基因組范圍較目前廣泛使用的qPCR提升100倍,從而顯著提高檢測敏感性和准確性。

劉天罡介紹,qPCR就像是用一把狙擊槍去擊打樣本中的病毒核酸,有一定概率打不中,而NTS不是用狙擊槍,而是撒網,並且同時撒十幾張網,這樣捕獲病毒核酸的概率就大大增加,不僅如此,它還能在捕獲病毒核酸的同時讀出其序列。這樣,一次檢測不僅可以確診是否感染新冠病毒,而且其他常見的呼吸道病毒,包括呼吸道合胞病毒、冠狀病毒、腺病毒、副流感病毒、甲乙丙型流感病毒等,也能同時檢測出來,為醫生分診提供確切依據。更重要的是,這種方法還能檢測在病毒傳播期間與毒力相關的基因是否發生了突變,從而迅速為后續的流行病學分析提供信息。

在研究中,團隊平行測試了NTS和qPCR兩種方法。結果表明:45個臨床高度疑似新型冠狀病毒感染患者的樣品,NTS共鑒定出34個陽性樣品,比qPCR多檢出15個﹔16個臨床已確診新型冠狀病毒感染患者中,NTS全部檢測呈陽性。臨床確診樣本顯示,NTS比qPCR的陽性檢出率提升43.8%。

此外,對於高濃度病毒樣本,NTS僅需測序10分鐘即可檢測出結果。即使極低濃度病毒樣本,也僅需測序4小時就可完成檢測。從收到樣本到出具結果,全程控制在6—10小時。而且該技術所需的納米孔測序平台對實驗室要求不高,其中最小測序儀MinION是便攜式的,因此NTS也更適合不同級別的醫院使用。

(責編:王欣玥、李慧博)